สิ่งสำคัญต่อไปที่ต้องทำในการจัดระบบบัญชีเพื่อการจัดการ คือการเลือกหาโปรแกรมบัญชีที่เหมาะสมกับ ธุรกิจของเรามาใช้ เพื่อความมีประสิทธิภาพรวดเร็ว ประหยัดคนและประหยัดเวลา การเลือกโปรแกรมบัญชี ท่านจะต้องเปิดโอกาสให้ทีมงานที่เกี่ยวข้องของท่านได้มีส่วนร่วมในการสรรหา ด้วยเพราะเคยเกิดขึ้นอยู่บ่อยๆ ว่าผู้บริหารเป็นผู้เลือกและตัดสินใจ พอซื้อเสร็จก็โยนให้ฝ่ายบัญชีไปใช้ ปรากฎว่าฝ่ายบัญชีรู้สึกว่าถูกบังคับ ก็เลยเกิดการต่อต้านหรือเกิด ความไม่ชอบและไม่ให้ความร่วมมือจนในที่สุดก็กลายเป็นความล้มเหลว ปัจจัยที่จะต้องพิจารณาในการเลือกโปรแกรมบัญชีมี ดังนี้

     1. งบประมาณ ก่อนที่จะเริ่มต้นเลือกโปรแกรมบัญชี เราต้องทำการจัดสรรงบประมาณเสียก่อน สิ่งที่จะเกี่ยว ข้องคือ ค่าใช้จ่ายสำหรับ โปรแกรมบัญชี ค่าใช้จ่ายในเรื่อง Hardware และที่จะใช้ติดตั้งโปรแกรมฯนั้น

     2. พิจารณาคุณสมบัติของโปรแกรมบัญชี สามารถรองรับความต้องการที่สำคัญๆ ส่วนใหญ่ของธุรกิจโปรแกรมบัญชีในตลาดนั้นมีหลากหลายแตกต่างกันไปทั้งลักษณะ การใช้งานและราคา การที่จะเลือกซื้อนั้นเราต้องสำรวจความต้องการธุรกิจของเราด้วยการเรียง ลำดับความสำคัญของงานที่ต้อง การ โปรแกรม ฯ ดังกล่าวควรรองรับความต้องการที่เรียงลำดับไว้ 70-80%

บางกิจการพอเริ่มจะเปลี่ยนจากการไม่เคยใช้คอมฯเลย แต่พอวางแผนจะใช้ขึ้นมาก็ตั้งเป้าไปถึงขนาด ว่าต้องเป็น Web base accounting ซึ่งอาจไกลเกินเอื้อมจนทำให้ โครงการล้มเหลว โปรดระลึกเสมอว่า ควรทำแบบค่อยเป็นค่อยไป ทีละขั้น ทีละตอนจะประสบความสำเร็จมากกว่าและพิจารณาถึงโปรแกรมนั้นต้องมีความยืดหยุ่นในการ ปรับเปลี่ยน ความต้องการพื้นฐาน ให้เป็นไปตามความต้องการได้เองโดยไม่ต้องพึ่งพาโปรแกรมเมอร์ เช่นเราอาจจะต้องการตัวเลขไปทำรายงานต่อในโปรแกรมอื่นต้องสามารถทำได้ เองอย่างง่าย - ความเร็ว เมื่อเริ่มแรกที่ข้อมูลยังมีไม่มาก โปรแกรมบัญชีอาจมีความสามารถที่ดูไม่ต่างกัน

แต่สิ่งหนึ่งที่ควรมองให้ลึกก็คือเมื่อมีข้อมูลมากขึ้นโปรแกรมนั้นจะมีขีด ความสามารถที่จะรองรับหรือไม่
หลุมดำ ในโปรแกรม( Bug) เป็นธรรมดาของโปรแกรมคอมพิวเตอร์ที่อาจจะมีหลุมดำหรือ bug ซึ่งจะก่อให้เกิดการหยุดชะงักในการประมวลผลหรือที่เรียกว่า Error เพื่อความปลอดภัย โปรดสอบถามผู้ขาย ว่า โปรแกรมนั้นมีผู้ใช้จำนวนกี่ราย และเลือกโปรแกรมที่มีผู้ใช้งานมากที่สุดจะปลอดภัยกว่า อีกทางหนึ่งคือเลือกโปรแกรมที่พัฒนาจากบริษัทฯที่มีชื่อเสียงทางด้านนี้ก็จะ ให้ความั่นใจได้ดีกว่า อีกประการหนึ่งโปรแกรมที่ดีจะต้องมีเครื่องมือจัดการซ่อมแซมฐานข้อมูลเมื่อ เกิดการบกพร่องในการประมวล ผลเช่นเมื่อไฟดับ ในระหว่างกำลังสั่งประมวลผลข้อมูลอยู่จะทำให้โปรแกรมเกิดอาการรวนโปรแกรมที่ ดีจะต้องมีเครื่องมือ ที่จะช่วยกู้ข้อมูลที่รวนนี้กลับมาได้

     3. พิจารณาคุณสมบัติของผู้จำหน่ายโปรแกรม สิ่งที่สำคัญพอๆ กันกับการเลือกโปรแกรมบัญชีก็คือคุณต้องให้ความสำคัญในการพิจารณาผู้ที่ จำหน่ายโปรแกรมบัญชีนั้น เพราะเขาจะต้องเป็นผู้ที่อบรมและคอยให้คำปรึกษาในการใช้งานแก่คุณตลอดไป ท่านจะต้องเลือกผู้ที่มีความรู้ในโปรแกรมนั้นเป็นอย่างดี

อาจดูจากการที่เขาได้รับการแต่งตั้งอย่างเป็นทางการในการจำหน่ายโปรแกรมนั้น หรือเป็นผู้พัฒนาโปรแกรม ด้วยตนเอง และสามารถให้คำปรึกษาในการใช้งานได้จริงหลังการขาย

ท่านสามารถตรวจสอบได้ด้วยการสอบถามประสบการณ์จากผู้ที่ใช้โปรแกรมกับนั้น อยู่ เมื่อเลือกสรรจนได้โปรแกรมที่เข้าตากรรมการสักหนึง ถึง สามรายแล้ว ด่านสุดท้ายก็คือ ให้ขอรายชื่อผู้ที่ใช้โปรแกรมนั้น จากผู้ขาย สักห้ารายเพื่อที่ท่านจะสามารถสอบถามผู้ที่ใช้งานจริงว่ามีการใช้งานเป็นอย่างไร มีความพอใจกับโปรแกรมฯนั้นหรือไม่ บริการหลังการขายของผู้ขายเป็นอย่างไรและมีปัญหาใดที่เกิดขึ้นจากการใช้หรือ ไม่